Z Českých Budějovic vychází železniční trať jako součást IV. tranzitního železničního koridoru z Německa přes Prahu do Rakouska.

Jihozápadně od města v katastru obce Planá leží veřejné vnitrostátní a neveřejné mezinárodní Letiště České Budějovice s vnější hranicí, kategorie 4C (délka dráhy větší než 1800 m, pro letadla s rozpětím křídel od 24 m až do 36 m).

Od roku 2017 jsou České Budějovice napojeny na evropskou síť vodních cest splavnou Vltavou. V centru Českých Budějovic se nachází přístaviště Lannova loděnice, v místní části České Vrbné je umístěn hlavní městský přístav pro rekreační a osobní lodě.

Současná MHD je v Českých Budějovicích zajišťována autobusy a trolejbusy na celkem 24 linkách.